Die Universitäten Freiburg und Strasbourg (École Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg (ESBS)) bieten in Kooperation mit der Hochschule Offenburg den zweijährigen Masterstudiengang Biologie in der Variante Biotechnologie an. Dieser kann auch gemeinsam mit dem 2. und 3. Jahr des Ingenieurstudiengangs Biotechnologie studiert werden. Im 2. Semester des Masterstudiengangs wählen die Studierenden einen individuellen Schwerpunkt: Synthetic Biology, Plant Biotechnology/High Throughput Analyses oder Engineering. In Zusammenarbeit der Universitäten verleiht die Universität Freiburg den Abschluss „Master of Science Biologie Spezialisierung Biotechnologie“ und die Université de Strasbourg den Abschluss „Master en Biotechnologies“.