Les universités de Fribourg-en-Brisgau et de Strasbourg (École supérieure de biotechnologie de Strasbourg, ESBS) proposent en coopération avec la Hochschule Offenburg le master de deux ans en biologie, spécialisation biotechnologie. Celui-ci peut également être suivi conjointement avec la 2e et la 3e année du programme de diplôme d’ingénieur en biotechnologie. Au 2e semestre du master, les étudiant.e.s choisissent une spécialisation individuelle : Synthetic Biology, Plant Biotechnology/High Throughput Analyses ou Engineering. Dans le cadre de la coopération entre les universités, l’Université de Fribourg-en-Brisgau délivre le diplôme « Master of Science Biologie, spécialisation biotechnologie » et l’Université de Strasbourg le diplôme « Master en Biotechnologies ».